Pentru realizarea eficientă a obiectivelor de studii, catedra conlucrează cu Centrul de Medicină Legală pe lângă Ministerul Sănătății a Republicii Moldova, care reprezintă baza clinică a catedrei. Conform contractului de colaborare existent, studenții, rezidenții și cursanții EMC au acces la sălile de necropsie și biroul de examinare a persoanelor vii, facilitând astfel formarea deprinderilor practice și consolidarea cunoștințelor teoretice. În plus, angajații catedrei au acces la informațiile din arhiva instituției, conform acordurilor stabilite cu directorul Centrului de Medicină Legală.
Având în vedere specificul activității serviciului, Catedra de medicină legală colaborează activ cu disciplinele conexe de profil terapeutic şi chirurgical, precum anatomie patologică, chirurgie, radiologie, traumatologie, neurochirurgie, pshihiatrie etc. Astfel, rezidenții specialității Medicina legală realizează instruiri în cadrul modulelor conexe la disciplinele enumerate, iar rezidenții specialităților chirurgie și anatomie patologică sunt instruiți în cadrul Catedrei de medicina legală. În planul instruirii cadrelor de juriști din țară, cadrul didactic colaborează cu facultatea de Drept a Universității de Stat din Moldova; Institutul Național al Justiției; Academia „Ștefan cel Mare” a MAI. Totodată, colaboratorii catedrei desfășoară o colaborare fructuoasă cu colegii de breaslă din România – catedra de Medicină legală a UMF „Gr.T. Popa” (Iași), Universitatea ”Dunărea de Jos” (Galați) și UMF „Iulius Hațieganu” (Cluj-Napoca); Ucraina – Birourile Regionale de Expertiză Medico-legală din Kiev, Cernăuți și Ivano-Frankovsk; Slovacia – Institutul de Medicina legală; Germania – Clinica universitară de medicina legală din Essen.